Stanislas Lyonnet Professor of genetics, MD, PhD

Course and current status

I - Etat civil

Stanislas LYONNET né le 23 avril 1958 à Paris 75015

Domicile : 12, boulevard des Invalides 75007 Paris   

 

II - Coordonnées

Institut Imagine

24, boulevard du Montparnasse 75015 Paris

Téléphone : + (33) 1 42 75 96 96 - Mobile : + (33) 6 08 66 74 80

 e-mail : stanislas.lyonnet@inserm.fr

 

III - Situation actuelle

- Directeur de l’Institut des Maladies Génétique, Imagine, IHU-A-1, UMR-1163 INSERM-Paris Descartes, depuis le 1er juillet 2016.

- Professeur des Universités en Génétique, Faculté de médecine Paris Descartes (PU-PH 1995, cl. Ex) 

- Praticien Hospitalier, Service de Génétique, Hôpital Universitaire Necker-Enfants Malades

Structure d’accueil : Institut Imagine UMR-1163 Inserm/Paris Descartes

 

IV - Cursus

Cursus universitaires et médical

. Études de médecine : Faculté Saint-Antoine (1975-1981)

. Interne des Hôpitaux de Paris,  concours 1981, spécialités : pédiatrie et génétique

. Médaille d'or de l’Internat des Hôpitaux de Paris et doctorat en médecine, médaille d’argent (1989)

. Service National : Clinique Médicale, Hôpital d'Instruction des Armées du Val de Grâce

. Chef de Clinique-Assistant, Génétique, Paris Descartes, Necker - Enfants Malades (1989-1993)

Cursus de recherche scientifique

. Maîtrise et DEA de Génétique Humaine, INSERM U-129 Cochin, mention très bien (1986)

. Thèse d’Université Paris VI, mention très honorable avec félicitations du jury (1992)

. Chargé de Recherche de l'INSERM sur poste d'accueil, Unité INSERM U-393 Necker (1993-1995)

. Habilitation à Diriger des Recherches, Paris Descartes : Génétique des syndromes malformatifs (1995)

 

V - Diplômes :

. Médecin des hôpitaux (conseil de l’Ordre des Médecins N° : 75 / 53638)

. DEA de Génétique Humaine (1986)

. Thèse d’Université Pierre et Marie Curie (Paris VI, 1992)

. Habilitation à Diriger des Recherches, Université Paris Descartes (1995)

 

VI - Expériences professionnelles académiques

. Directeur du laboratoire : “Génétique et embryologie des malformations”, équipe INSERM/Descartes, fondatrice de l’Institut Imagine.

Création en 1995 ; recréations en 2001 (A+), 2005 (A+), 2010 (A+) et 2014 (4A+/2A).

Codirection avec le Pr Jeanne Amiel depuis 2016 (prise de direction de l’IHU Imagine)

. Directeur du Laboratoire International Associé (LIA) franco-marocain INSERM (2011 puis 2014).

. Responsable de l’Unité de Génétique Clinique du Service de Génétique Necker-EM (2012-2016)

. Responsable du centre constitutif CRMR Anomalies du développement CLAD Île-de-France (2004-17).

Scientific summary

VII - Publications

. 393 publications originales revues internationales à comité de lecture (1985-2017)

. H-index (WebScience) :  67      Citations : 17142    Moyenne : 33,5 citations par article

                                 

Thèmes de recherche : Depuis 24 ans, notre équipe étudie les fondements génétiques et la physiopathologie moléculaire de malformations congénitales, notamment les neurocristopathies, syndromes ou prédispositions tumorales liées à des anomalies de développement des dérivées des crêtes neurales. Trois thèmes, dont nous pensons avoir tiré des leçons dépassant notre recherche propre, se dégagent de nos travaux : i) la déconstruction du modèle d’hérédité multigénique prenant pour paradigme la maladie de Hirschsprung, ii) la mise en évidence de liens entre cancer et anomalies du développement, iii) la découverte d’altérations de régions régulatrices non codantes du génome dans des anomalies du développement.

Vingt publications originales les plus significatives (1994-2017) tirées de ces travaux :

1 - Lyonnet S, et al. A gene for Hirschsprung disease maps to the proximal long arm of chromosome 10. Nature Genetics 1993, 4: 346-50.

2 -Edery P, Lyonnet S, et al. Mutations of the RET proto-oncogene in Hirschsprung disease. Nature 1994, 367: 378-80.

3 - Bonnet D, et al. A gene for Holt-Oram syndrome maps to the distal long arm of chromosome 12. Nature Genetics 1994, 6: 405-8.

4 - Edery P, et al. Mutation of the endothelin-3 gene in Waardenburg-Hirschsprung disease (Shah-Waardenburg syndrome). Nature Genetics 1996, 12: 442-4.

5 - Villard L, et al. XNP mutation in a large family with Juberg-Marsidi syndrome. Nature Genetics 1996, 12: 359-60.

6 - Salomon R, et al. Germline mutations of the RET ligand, GDNF, are not sufficient to cause Hirschsprung disease. Nature Genetics 1996, 14: 345-7.

7 - Li QY, et al. Holt-Oram syndrome is caused by mutations in TBX5, a member of the Brachyury (T) gene family. Nature Genetics 1997, 15: 21-9.

8 - Pingault V, et al. SOX10 mutations in patients with Waardenburg-Hirschsprung disease. Nature Genetics 1998, 18: 171-3.

9 - Tullio-Pelet A, et al. Mutant WD-repeat protein in triple-A syndrome. Nature Genetics 2000, 26: 332-5.

10 - Bolk S, et al. A human model for multigenic inheritance: phenotypic expression in Hirschsprung disease requires both the RET gene and a new 9q31 locus. Proc Natl Acad Sci U S A. 2000, 97: 268-73.

11 - Gabriel-Bolk S*, Salomon R* et al. Segregation at three loci explains familial and population risk in Hirschsprung disease. Nature Genetics 2002, 31: 89-93.

12- Amiel J, et al. Polyalanine expansion and frame shift mutations of the paired-lik homeobox gene PHOX2B in congenital central hypoventilation syndrome (Ondine’s curse). Nature Genetics 2003, 33: 459-461.

13 - Baala L, et al. Homozygous silencing of T-box transcription factor EOMES leads to microcephaly with polymicrogyria and corpus callosum agenesis. Nature Genetics 2007, 39: 454-6.

14 - Janoueix-Lerosey I, et al. Somatic and germline activating mutations of the ALK kinase receptor in neuroblastoma. Nature 2008, 455: 967-70.

15 - Benko S, et al. Highly conserved non-coding elements on either side of SOX9 associated with Pierre Robin sequence. Nature Genetics 2009, 41: 359-64.

16 - de Pontual L, et al. Germline deletion of the miR-17∼92 cluster causes skeletal and growth defects in humans. Nature Genetics 2011, 43: 1026-30.

17 - Cartault F, et al. Mutation in a primate-conserved retrotransposon reveals a noncoding RNA as a mediator of infantile encephalopathy. Proc Natl Acad Sci U S A. 2012, 109: 4980-5.

18 - Gordon CT, Lyonnet S. Enhancer mutations and phenotype modularity. Nature Genetics 2014, 46: 3-4.

19 - Guimier et al. MMP21 is mutated in human heterotaxy and is required for normal left-right asymmetry in vertebrates. Nature Genetics 2015, 47: 1260-2.

20 - Gordon CT et al. De novo gain-of-function mutations in the epigenetic regulator SMCHD1 abrogate nasal development. Nature Genetics 2017, 49: 249-255. 

 

VIII - Valorisation

  • Valorisation économique

. Dépôts de Brevets : 2001 (gène AAAS), 20010 (MiriFix, base de donnée avec Mme Henrion-Caude)

  • Valorisation clinique (sélection)

. PHRC « Syndrome Kabuki » 2009-2012, coordonnateur

. PHRC : « Syndrome CHARGE » 2012-2015, partenaire

. Centres de références : Responsable du centre constitutif du Centre de Référence national Maladies Rares (CRMR) : « Anomalies du développement » du CLAD Île-de-France (2004-2017).

  • Valorisation sociétale

- Communication vers le grand public, Rencontres, débats (sélection 2016-2017)

. L’ADN non-codant ou comment sortir d’une poubelle ? S3Odéon – Une nouvelle forme d’expression autour de la santé de demain, Théâtre de l’Odéon, 3 septembre 201

. Table ronde G5 Santé, « Innover en France : quel rôle pour les partenariats public privé ? Comment créer la confiance nécessaire ? », 5èmes Rencontres du G5 Santé, 10 octobre 2016

. Séminaire « IHU : le futur des CHUs ? » Colloque les Futurs du CHU, Assises Nationales Hospitalo-Universitaires, Toulouse, décembre 2016, Toulouse

. Table ronde 1èré Conférence Legrain Ecole Normale Supérieur Ulm, « Implications éthiques et juridiques de la révolution Crispr », 17 janvier 2017, Paris

. Table ronde au congrès LESI (Licensing Executive Society International), « IP revolution: scenarios for the future, 24 avril 2017, Novotel, Paris

. France-India Healthcare summit, Mars  2017, Paris

. Journées portes ouvertes Institut Imagine et Necker-Enfants Malades (2015, 2016, 2017)

. Conférences grand public, institut Imagine, avril 2017 « Génétique des maladies rares »

. Ouvrage « Les 100 mots de la génétique » PUF, collection Que sais-je ? D. Stoppa-Lyonnet et S. Lyonnet  Mars 2017.

. Emission Des mots de minuit (Ph Lefait) "Les 100 mots de la génétique", (diffusion webb fin2017)

. Emission RFI "Les 100 mots de la génétique"; 8 mai 2017.

- Formation d'enseignement du secondaire, formations professionnelles ou autres

  • Responsabilités pédagogiques et principaux enseignements

. Responsable de Master Européen de Génétique (PRES Sorbonne Paris Cité), pour l’université Paris Descartes (depuis 2004)

. Master Européen de Génétique, présidence de la cérémonie de collation des diplômes de la promotion « Stanislas Lyonnet », 26 novembre 2016

. Membre du conseil de l’école doctorale Bio-SPC (2014)

. Responsable du cursus de Génétique (PCEM2 puis DFGSM2) de la Faculté de Médecine Paris Descartes (responsabilité – organisation – enseignement magistral)

. Cours internationaux (sélection) :

Genetics-dysmorphology. European Genetics Foundation, Sestri Levante, Italie, 1999 et 2001

Genetic approaches of malformation and syndromes, AMC, Amsterdam, sept. 2003

Developmental Biology, Karolinska Institute, Stockholm, Suède. septembre 2003 et 2005

Clinical dysmorphology and genetics, Braga, Portugal, juillet 2006

Molecular genetics of neurocristopathies, Bertinoro, Italie, novembre 2006, 2008.

  • Activité d'expertise pour les pouvoirs publics : Ministère de la Justice

. Membre du comité de contrôle du FNAEG (fichier national des empreintes génétiques, 2001-2008)

. Expert près la Cour d’Appel de Paris (génétique médicale, 2002-…)

  • Interactions avec la société civile / l'environnement social et culturel

Associations de patients (membre du conseil scientifique, actuel ou passé) : Syndromes de Williams, syndrome CHARGE, Prader-Willi France, Hirschsprung, séquence Pierre Robin, Atrésie de l’œsophage,

 

VIII - Direction et Expériences de direction

. Directeur du laboratoire : “Génétique et embryologie des malformations”, équipe INSERM fondatrice de l’Institut Imagine. Création en 1995 ; recréations en 2001 (A+), 2005 (A+), 2010 (A+) et 2014 (4A+/2A).

. Directeur pour la France du Laboratoire International Associé (LIA) franco-marocain de l’INSERM (2011, puis 2014).

. Membre du collège de direction scientifique de l’Institut Hopitalo-Universitaire Imagine depuis sa création (2007) et membre du comité exécutif de l’IHU Imagine depuis sa création 2010)

- Directeur de l’Institut des Maladies Génétique, Imagine, IHU-A-1, UMR-1163 INSERM-Paris Descartes, depuis le 1er juillet 2016.


IX - Obtention de financement : Principaux financements (après 2000)

. EU FP5 “RET a dependance receptor in apoptosis and tumour” QLRT-2000-01646 (2000)

. ANR Maladies Rares, “The Phox2b gene” (2005; 160.000€).

 ANR Geno-Path, “The Genetics of Hirschsprung disease” (2007; 412.000 €)

. EU E-Rare program (coordinator), “Hirschsprung disease Consortium” (2008; 140.000€)

. ANR Appel blanc “EvoDevoMut” (2010-2014; 420.000 €.

 EU E-Rare program “CraniRare” (2011-2015; 181.000€).

. Equipe FRM “The genetic bases of congenital heart defects” (2015-2017; 300.000€)

. ANR Appel blanc : « Heart-Asymmetry » (partenaire) (2017-2020 ; 115.000€)

. RHU-3, projet CI’l-LICO (2018-2022 ; 5,9 M€)

 

X - Encadrement (au sein du laboratoire)

- Stagiaires : total de 11 étudiants de Master 2 encadrés entre 1995 et 2015

- Doctorants : total de 12 thèses d’université encadrées et soutenues entre 1995 et 2017 (1 en cours)

- Post-doctorants : total de 7 post-doctorants encadrés entre 1995 et 2017 (un en cours)

 

XI - Enseignement supérieur, animation et organisation de la recherche :

  • Université Paris Descartes :

. Conseil de la Recherche de l’Université Paris Descartes (membre élu, 2012-2016)

. Faculté de Médecine Descartes, conseil d’audition (2009-..) et conseil scientifique local (2014-2016)

. Responsable de l’enseignement de génétique médicale et du Master Européen de Génétique (USPC)

. Conseil National des Universités : président de la sous-section de Génétique (47-04 ; 2013-2016)

  • Assistance Publique-Hôpitaux de Paris :

. Conseil Scientifique (membre nommé, 2001-2006)

. Collège Parisien de Génétique (fondation et premier Président élu, 2002-2007)

. Comité recherche biomédicale et santé publique (CRMBSP, représentant de Paris Descartes, 2014-16)

  • INSERM :

. Commissions scientifiques spécialisées (CSS7 : 1989-1992, puis CSS2 : 1998-2002)

. Comité National des Registres (membre nommé, 1999-2003)

. Commission de Recherche Clinique (membre nommé, 2006-2009)

. Conseil de l’ITMO AVIESAN « Génétique et Développement » (2009-2010)

. Conseil scientifique (membre nommé, 2008-2012)

  • ANR : Responsable des programmes « Maladies Rares » puis « GenoPath » (2004-08, budget de 11-20 M€/an)
  • Société Européenne de Génétique (ESHG) :

. Board (membre élu, 1997-2001), puis Comité Scientifique des Programmes (SPC, 2003-2007)

. Éditeur du Journal « European Journal of Human Genetics », section clinique (2009-…)

. Président élu (2012-2013) et congrès de Paris, juin 2013 (3.215 participants, 61 nationalités)

  • Fondation pour la Recherche Médicale : Conseil Scientifique (membre, 2002-2006)


XII - Collaboration scientifique 

. International Hirschsprung Disease Consortium: A Chakravarti (Johns Hopkins, USA); R Hofstra (Groningen, Netherlands); I Ceccherini (Genoa, Italie); S Borrego (Barcelone, Espagne); P Tam (Hong-Kong, RPC)

. Clinique de la Souris, in Illkirch for the creation of murine models and other mouse facilities.

- Laboratory of Architecture and Reactivity of RNA, Strasbourg.

. Non-coding regulation at the SOX9 locus: D. FitzPatrick, D. Kleinjan (Edinburgh); A. Visel (San Francisco); Y. Morel (Lyon); L. Faivre (Dijon); G. Houge (Norway).

. CraniRare Consortium, research on craniofacial genetic anomalies, 2006-ongoing

. Réseau CrestNet, recherche sur le développement et les anomalies de crêtes neurales, 2017


XIII - Organisation de conférences, colloques, séminaires, nationaux et internationaux :

- European Society of Human Genetics (ESHG), congrès de juin 2013 à Paris (3215 participants)

- Séminaires annuels Pierre Royer-Imagine de génétique depuis 2004 (150-220 participants), comme président de l’association Semi-Log (gestion des d’enseignement du Dept de génétique  Necker-EM


XIV - Communications

Conférences sur invitation (sélection parmi les plus récentes – 2003-2017)

Internationales :

« Genetics of Hirschsprung disease », France/Israel Workshop on medical genetics, Schneider Institute, décembre 2003, Tel Aviv, Israel

« Molecular genetics of neurocristopathies », mars 2004, Edinburgh, Ecosse

« Genetics of multigenic Hirschsprung », 7th International Gene Forum, 2006, Tartu, Estonia

« A clinical approach to neural crest disease »,  New-York Academy of Medicine, mars 2006, New-York, USA

« Clinical dysmorphology and genetics », University of Braga, juillet 2006, Braga, Portugal

« Molecular genetics of neurocristopathies », EGF courses, novembre 2006, Bertinoro , Italie

« Genetic research for rare disease », Medicine Academia nov. 2007, Moscow. Fédération de Russie

« Dysmorphism in inborn errors of metabolism », APS Meeting, mars 2007, Fulda, Allemagne

 

“Mutation of non-coding sequences in genetic disease”, Current topics in Medical Genetics, Schneider Medical Center, novembre 2007, Petah Tikva, Israël

« Genetic screening in France », INSERM-Morocco collaboration, Newborn Screening Middle East North-Africa, 2008, Le Caire, Egypte

“The genetics of Hirschsprung disease”, Enteric nervous system conference, 2009, Londres, UK

« Disruption of highly conserved non-coding elements ». Rockefeller University Seminars, New-York, USA

Gordon Research Conference Cranio-facial morphogenesis, « Disruption of long-distance highly conserved non coding sequences at the SOX9 locus, in craniofacial neurocristopathies", avril 2010, Lucca, Italie

« Genetics of Hirschprung disease », 2nd International Enteric Nervous System Symposium, UCL, février 2010, Londres, UK

« The Dark Side of the Human Genome », Belgium Society of Genetics, 10th Meeting, février 2010, Ghent, Belgique

« Non coding genome and disease », European Society of Human Genetics (ESHG), Annual Meeting, juin 2010, Göteborg, Suède

« Non coding genome and disease », First Hadassah-Necker workshop, décembre 2011, Jérusalem, Israël

“The non-coding genome and developmental anomalies”, Karen Helene Ørstavik`s Dysmorphology Meeting, août 2012 , Oslo, Norvège

« Long distance genetic dysrégulation », Ernst Klenk Symposium in Molecular Medicine, The Genomic Future of Medicine, octobre 2012, Cologne, Allemagne

 “Disruption of conserved non-coding elements in neurocristopathies”, Rockefeller University, octobre 2013, New-York, USA

 “Will there be a place for medical genetics in a 2023 children's hospital?”, Sophia 150 years: Children of the future, novembre 2013, Rotterdam, Hollande

« Dysregulation of long-distance non-coding elements in development anomalies », XI JORNADA de ACTUALIZACIÓN en GENÉTICA HUMANA de la Asociación Española de Genética Humana, 4 avril 2044, Barcelona, Espagne

« Non-coding genomic alterations in human malformations », Lausanne Genomics Days 2014, Genoploe, Lausanne University, 14 février 2014, Lausanne, Suisse

« Non-coding genome alterations in rare development anomalies », 2nd International congress on research of rare and orphean diseases, RE(ACT) Congress 2014, mars 204, Basel, Suisse

 « L’Institut des Maladies Génétiques Imagine », Journée sur les Maladies génétiques, Académie Hassan II des Sciences et Technologies, 19 mai 2015, Rabat, Maroc

« Non-coding genomic alterations in human development anomalies »,  IGE3 seminar series, Université de Genève, 16 juillet 2015, Genève, Suisse

« Both rare and common variants  contribute to the complex inheritance of Hirschsprung disease », Conference « Genomics of rare disease: Beyond the exome » 2016, Wellcome Genome Campus, avril 2016 Cambridge, UK

«  Complex genetic inheritance: The paradigm of Hirschsprung disease Hirschsprung disease », EURenOmics general assembly conference, Paris, mai 2016, France

« Non-coding genomic alterations in human developmental anomalies », Symposium What’s new in clinical genetics, Clinical Genetics Society of Croatia, Zagreb University, juin 2016, Croatia

« Vers des diagnostics plus précoces des maladies rares », 5ème Rencontres Maladies Rares 20 et 21 novembre 2017, Paris, France

« Hirschsprung disease: from candidate genes to high throuhput genetics », Séminaire High-throughput approaches in development and disease of neural crest, 13 – 18 Novembre 2017, Fondation des Treilles, France

Nationales (2010-2017) :

Journée Claude Bernard, Académie Nationale de Médecine, « Génome non-codant et anomalies du développement » novembre 2010

Programme Colloque ANR Biologie & Santé, Lyon, « Génétique de la maladie de Hirschsprung »

Première journée ATIP-AVENIR, Roskoff, « Recherche translationnelle » octobre 2011

Collège de France, chaire génétique humaine, « Biais de sexe et maladie de Hirschsprung », novembre 2011

Médecine et psychanalyse, SMP-Paris Diderot, séminaires 2010, 2011, 2013

Congrès de la Société Française de Pédiatrie, « Annonce d’un diagnostic génétique », 2013

« Non-coding genomic alterations in development anomalies », Séminaire SFR Necker 27 novembre 2014, Paris

Génétique prénatale en cardiologie : Jusqu'où ne pas aller trop loin ?, 36ème séminaire Pierre Royer de cardiopédiatrie, Cardiologie fœtale, HEGP, 26 mars 2015, Paris

« Déjouer l’imprévu », présidence de séance, XVème Colloque GYPSY, centre des Saints-Pères, 11 décembre 2015, Paris

« Généralisation des tests génétiques », Conférences Hippocrate, Faculté de médecine Paris-Descartes, 12 février 2015, Paris

« Génétique de la peur », Société de Médecine et Psychanalyse, séminaire 2015 La peur, Faculté de médecine Paris-Descartes, janvier 2015, Paris

« Génétique numérisée ou génétique humaniste ? », Société de Médecine et Psychanalyse, séminaire 2017 Tous connectés, janvier 2017, Paris

2ème Journées d’imagerie du fœtus et de la femme,  « Faut-il se préparer à la demande d’analyse du génome foetal complet devant un signe d’appel cardiaque ? », centre des Saints-Pères, Paris, 7 juin 2017


XV - Expertise 

Evaluation de projets de recherche nationaux, européens ou internationaux

. Evaluateur AERES Unité INSERM CHU de Montpellier (2014)

Conseils scientifiques nationaux et internationaux :

. Conseil Scientifique de l’Association EuroCord (membre, 2010-…)

. Max Planck Institut für Molekulare Genetik - Berlin, Scientific Advisory Board (2010 -…)

. Helmholtz Zentrum - München, Scientific Advisory Board (2011 -…)

. SAB de Phenomin (2016- ..)

. Conseil Scientifique de l’École Normale Supérieure - Ulm, Président (2014 - … ; membre, 2011-2014)

Évaluation de publications scientifiques

- Éditeur de section : European Journal of Human Genetics (2009-…)

- Membre de comité éditorial : Human Molecular Genetics, International Journal of Human Genetics, Clinical Dysmorphology (board member, 2006-2014), Human Heredity (board member 2003-2007) European Journal of Medical Genetics (Board member, 2008-2014)

- Arbitrage pour les revues : Nature, Science, Lancet, Nature Genetics, Human Molecular Genetics, Oncogene, American Journal of Human Genetics, Genome Research, European Journal of Human Genetics, Journal of Mediacl Genetics, Human Mutation, Clinical Genetics, Pediatric Research

 

XVI - Prix scientifiques

. Prix Jean Valade senior, Fondation de France (2002)

. Prix de la Garantie Médicale et Chirurgicale (2003)

. Grand Prix Jean Hamburger de médecine et de recherches médicale, Ville de Paris (2006)

. Prix de Recherche de l’INSERM (2009)

. Prix Collery de Recherche Médicale de l’Académie Nationale de Médecine (2012).

 

Image d’exemple